在造物纪之后，仙界诸神达成默契，战争只在神的代理人及侍候种族间进行，诸神间仍然维持着表面上的和平。然而伏羲在平定凡界后，竟然强行打通前往仙界的通道，带领凡界开化种族的百万大军浩浩荡荡进攻仙界。

    本来就正为失败暗自恼怒着的大神夏耕，看到这些凡界之人居然踏入仙界，大怒之下，竟然不顾神的身份亲自出手，想要消灭黄帝军。他太低估了人类英雄，虽然杀死了数万人类军与多位将领，却死在黄帝与十二英雄手中。

    凡界种族竟然能杀死大神夏耕，这在诸神中引起的震动甚至比东皇太一的死还要大。伏羲趁机公开了自己是东皇太一继承人的身份，要求诸神服从他，帮他从昊阖手中夺回正神之位，为东皇太一复仇。

    不论东皇太一或是昊阖，都是用武力强行逼迫众神屈服，众神对他们并无好感，更谈不上忠诚，他们多半都更乐意看到伏羲与昊阖两败俱伤，而不是帮助其中一方。

    此时，五行神军出现，宣布支持伏羲。整个势态迅速向有利伏羲的方面转化，许多神识时务地投靠了伏羲，毕竟五行神军横扫仙界的威风可是让诸神印象深刻。

     元年前四千二百零七年
    仍然有神与伏羲为敌。包括几位与夏耕交好的神，还有一些对伏羲纵容凡界种族杀害神感到不满的神，为了挽回节节败退的局势，他们放出了曾因违背东皇太一神旨屠杀了七位神祗及近百万生灵侍神种族，被东皇太一囚禁的天河之神共工来成为新联军的首领。

    诸神间再次爆发的战争比以往惨烈百倍，凡间界和仙界都成为战场，几乎所有神都或主动或被迫参与战斗，许多神器被匆忙制造出来投入使用，陨落的神祇纷坠如雨，神力还于混沌。神之间的战斗可以动摇天地，在最终的决战中，巨大的力量冲撞，将仙界也撞裂了，碎片纷落入凡界。一些碎片停留在了凡界的空中，更大的碎片与凡界的大地剧烈撞击，原本已经渐渐沉降的混沌潮再度高涌，冲入仙界。

    伏羲继承了部分东皇太一的混沌之力，远不象仙界诸神那么害怕混沌，他趁着混沌潮涌，共工慌乱的一瞬间，砍下共工头颅。但共工是天河之神，天河不干，共工便不会死，而天河亦是仙界之脉，不能干涸，因此伏羲将共工身、首分离，分别禁闭。共工的身躯被伏羲掷下凡界，共工之首则丢入天河，有黑龙奉伏羲之命，化为黑鱼，口中衔着共工之首，永远在天河水中游动。黑鱼可变化身形大小，有时在仙界，有时又随着天河水落入凡界，如此，既能保证天河之水在共工神力下永不干涸，又难以寻觅其位置。

    失去了统帅，仙界联军丧失了斗志，相比崩裂的仙界、上涌的混沌，伏羲与昊阖之争在他们心中已不再那么重要，尽快平定混沌潮，还他们一个清净安全的仙界才是当务之急。比起在神界埋头大睡万事不管的昊阖来，似乎伏羲更可靠一点。联军弃械投降，仙界大战至此划上终点。

    从东皇太一死，至仙界大战终，这一段时期，被称为昊阖纪。伏羲与昊阖这场战争，被称为“正神之战”。

     仙界俯首称臣，伏羲却不能休息。他知道诸神愿意休战，是期待自己能象父神东皇太一般平定仙界。他联系了因厌弃战争，隐居在凡界的妻子女娲，夫妻携手，一疏、一压，将上涌的混沌慢慢引导回黄泉。

    然而，天河水在仙界崩裂时，从缺口倾泻而下，注入极西之海。天河是仙界之脉，必须要将其导回仙界。

    即使是伏羲、女娲合力，甚至再加仙界诸神之力，也难以让倾泻的天河水倒流回天上，伏羲在东皇太一陨落的混沌神殿中祈祷，向神界请求帮助。

    周天之神爰庆的神识下临，向伏羲展示周天之气在三界中的流转轨迹，令伏羲领会到“周而复始，生生不息”之道。

    于是，在极西之海落入凡界的天河水，经伏羲引导，化作无数支流，从地下穿过，汇集于极东之海。海水蒸腾，天河水通过这种途径，重新进入仙界，汇入天河。

    随后，伏羲以五方之精炼为息壤填地，女娲以五金之精炼为五彩石镡曜补天，重新阻隔三界。女娲力量不及三始神，在仙、凡、幽冥三界间，有一条累次破损造成的大裂缝，她无论如何都无法完全弥合，女娲因此十分沮丧。伏羲安慰她说：凡事必无完美。事实上，伏羲知道，只要他们身在仙界之中，就永远不可能令仙界完美。这令伏羲有了想要飞升入神界的愿望。

     元年前四千一百一十三年
    仙界平稳后，仙界诸神终于改遵伏羲为主神。接手仙界事务的伏羲很快向众神展示了他杰出的管理才能和铁血的统治手段，在短短时间内将仙界打理得井井有条。

    但仙界反对伏羲的势力仍有留存，他们表面上归依伏羲，其实只是转入了隐秘的反抗活动，而他们最想做的，就是让大神共工身首合一，重新领导他们对抗伏羲。

    共工的下属在凡界的常羊之山找到了共工的身躯。但共工的头颅随着天河在三界间流动不息，经过数万年探查也未能找到。急躁的共工以乳为目，以脐为口——被称为“刑天”，意为被天神所刑——带军队杀回了仙界，他认为上次的争斗如果不是自己被上涌的混沌分散了心神，绝不至于输给伏羲，然而，有时，争斗并不是纯粹靠武力。这次他甚至连伏羲都没见到，就落入包围之中，再度败北。

    伏羲将叛乱者全部打入归墟的无尽深渊之中，共工的身体——或者说“刑天”——被封入一颗仙界的巨树树干中。巨木森森成林，不知有多少万颗，即使是伏羲自己，也不能再次寻找到。

    之后，伏羲在凡界极西之地，天河落处苦思多年，从所苦无海的回音碎片中得到感悟，得以抛弃躯体，飞升神界，在那里，他得到了时间之神静与周天之神爰庆的默许，封印了昊阖，从此刻起，这个世界才真正被纳入伏羲的“秩序”之中。】

    为了避免出现以前种族繁多争抢地盘的历史重演，伏羲给每位神都委派职司，规定他们要做的事，又选了数位大神担当管理约束之职，以监督其他神。各位神的管辖范围内出了差错，便会受到惩罚。诸神有了事做，也就不再象以前一样因为无聊而滋生事端了。

    伏羲还重新规划了日月运行的路径，太阳不再行经幽冥界，月亮也不再上到仙界，以减小不同的混沌之力带来的影响。

    昊阖纪过后，仙界进入伏羲纪，并一直延续至今。